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NTSYS-pc(生物形态研究软件)

软件类型:
国产软件
软件语言:
简体中文
软件大小:
2 MB
软件授权:
免费软件
软件评级:
4
更新时间:
2017-05-12
应用平台:
WinXP, Win7, WinAll
软件简介

NTSYS-pc(生物形态研究软件)用于分析分子生物学,是一款很具有专业性的工具,能进进行生物群体聚类分析及相似性分析,分析RFLP,RAPD等电泳带型,计算遗传距离分析聚类树绘图。

软件介绍

ntsyspc是一款免费的生物形态分析软件,这款软件可以用来研究数据点样本,这些样本可能来自两个或多个不同的群体,或者使用邻接法或UPGMA方法构建聚类图来评估进化树。同样可以用于发现某些子集中的变异是相互关联的。

软件功能

1、相似性和差异性:关联、距离、34个关联系数和11个遗传距离系数。
2、聚类:UPGMA和其他等级结构的SAHN方法(可以是多重关系)、邻接法和共同树的几种形式。
3、图论方法:最短长度的生成树和用邻接法绘制图片(可以是无根系统树)。
4、排序:主成分或主坐标分析、对应分析、度量与非度量多维尺度分析、奇异值分析和Burnaby方法、典型分布随机分析、方案的多因素分析、常见的主成分分析、偏最小二乘、多关联性和典型相关。
5、图片互动:表征图、物种树、二维散点图,相似性和差异性矩阵的对比、傅立叶的大纲图、Procrustes绘图和三维视点绘图。
6、多变量测试:典型变量分析、协方差矩阵测试、维数测试、广义多元回归分析。同时还有辅导程序和模拟实验内容。
7、几何形态测量:包括Procrustes分析的特殊组件,用于叠加重点结构,绘制Procrutes分析的结果图片,绘制轮廓图片和轮廓形状的傅立叶系数(包括2D和3D椭圆图片)和部分2D和3D的弯曲系数并估算统一部分。
8、其他:由同表象相关、Mantel测试,3-way Mantel测试,数据标准化和矩阵转化等进行矩阵对比。矩阵可分割或合并。

使用方法

一、数据的处理
1、读板
2、把每一个引物的读板数据用Excel表格排成一列:
eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——
3、再把上表列成NTSYS能识别的格式——
eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——
(有带读1、无带读0、缺失读999)
注:一般情况下不只是satt140一个引物,而是多个引物,则应该把各个引物的如上数据合
成在一个工作簿中,并只保存一个工作表sheet1,输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘,如下图——(这样就可以用NTSYS-pc分析)
二、NTSYSpc用法
1、生成矩阵:在excel按如下规则输入数据,A1=1表示有带记为1,B1=10表示扩增的总条带数, C1=5表示样本数,D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下图:
输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。并且只能保存sheet1一个工作簿。(注:这里的B1和C1颠倒,应该在qualitative data一步中选by rows)
2、生成系统树:
打开NTSYS-PC程序,点击similarity出现如下界面
点击input file,打开生成的excel文件,点击out file起一个文件名(假设叫A),然后点击compute按钮。继续点击clustering,出现下面的界面,
再点SHAN,出现如下界面:
点击input file,打开文件A,点击out file起一个文件名(假设叫B),然后点击compute按钮。然后点Graphics

软件截图

NTSYS-pc(生物形态研究软件)

软件下载地址
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